В случае получения предупреждения такого плана:

  2016-Dec-20 13:06:06 Модули веб-сервера (check_security): Warning
  Замечание. Загружен модуль mod_dav/mod_dav_fs, WebDav не будет работать
  
Вы можете его проигнорировать.

Причина возникновения подобного замечания в том, что в и ISPmanager, и в Bitrix есть возможность использования возможности доступа к директории сайта как сетевому диску или для совместной работы над файлами.
У Bitrix это собственная реалиализация, у ISPmanager используются модули для веб-сервера Apache mod_dav и mod_dav_fs.

Для отключения модулей:

==== CentOS 7 ====
Удалите файл /etc/httpd/conf.modules.d/00-dav.conf с помощью файлового менеджера ISPmanager или через SSH и перезагрузите веб-сервер Apache