Для установки купленного и полученного SSL-сертификата к сайту:
Авторизуйтесь в ISPconfig с административными правами.
Убедитесь, что пользователю разрешено использование SSL:
Клиент → Лимиты → Web limits → SSL available
Перейдите на уровень пользователя-владельца домена
Откройте вкладку «Сайты»
Откройте настройки требуемого сайта нажатием на его название в списке
Активируйте во вкладке «Домен» пункты SSL
Перейдите на вкладку SSL и заполните все поля
И в поле SSL Action укажите «Save certificate»