Работа с центром сертификации Let's Encrypt из консоли SSH происходит с помощью официального приложения certbot.
Выпуск сертификата для домена производится из SSH с помощью команды:
certbot-auto certonly --email <EMAIL> --agree-tos --webroot -w <DIR> -d <DOMAIN>
Где:
Обновление установленного сертификата
certbot-auto renew --quiet