Для генерации пары ключей после запуска puttygen.exe следует выполнить несколько шагов Раздел Parameters:

• В пункте «Type of key to generate:» укажите предпочитаемый алгоритм шифрования ключа (Обычно, RSA вполне достаточно)
• В пункте «Number of bits in a generated key:» - битность ключа. Выше цифра - дольше создание и выше криптостойкость.

После завершения подготовительных шагов, в разделе «Actions» нажмите кнопку «Generate» и после появления строки состояния генерации ключа начните беспорядочно двигать курсором мыши в пустом поле интерфейса приложения.

Далее, после того, как ключ создан выполните простые шаги

• Сохраните в текстовый файл публичный ключ из поля 'Public key for pasting into OpenSSH authorized_keys file:'. Он потребуется для помещения на удалённые ssh-серверы.
• Заполните поле «Key comment:» для идентификации ключа в дальнейшем.

Поля «Key passphrase:» и «Confirm passphrase:» предназначены для установки парольной фразы для бОльшей защищённости приватного ключа от посторонних. Когда все нужные поля заполнены - сохраните ключи с помощью кнопок «Save public key» и «Save private key» раздела «Actions» в укромное место для исключения случайного их удаления.