При запуске без параметров будет выведено справочное окно:

Для запуска в работу требуется указать некоторое количество параметров

• /Sageset:<n> - сохранение набора параметров очистки диска с номером <n> для дальнейшего выполнения указанного варианта очистки диска с использованием параметра Sagerun:n.
• /Sagerun:<n> - выполнение очистки диска с заранее сохранённым набором параметров очистки, задаваемым значением номера <n>.
• /Tuneup:<n> - аналогично команде Sageset:<n>.
• /LowDisk - утилита отображает окно диалога очистки диска с установленными флажками для всех возможных параметров очистки.
• /VeryLowDisk - очистка диска выполняется немедленно, без диалога с пользователем.
• /Setup - используется для очистки диска от данных предыдущей Windows, сохраненных при переустановке или обновлении системы. Результаты выполнения программы сохраняются в файлах журналов setupact.log и setuperr.log каталога C:\Windows\System32\LogFiles\setupcln. Вместо параметра /Setup можно использовать /Autoclean.
• /D <буква диска>: - используется для указания диска на котором требуется выполнить очистку.

• Полная автоматическая очистка системного диска без диалога с пользователем

cleanmgr.exe /VeryLowDisk /Autoclean /C